温州铁道追尾事故中虽然当局指出雷击可能是造成事故非常重要的原因，但是现在关于事故本身有三大谜团是有待解决。

其中第一大谜团就是为什么警报系统会失灵，因为根据铁道部的资料，在2007年的时候就已经表示说，中国自主研发的自动避灾系统，如果是信号出现了失灵或者是异常状况的时候，后车是绝对不会向前强制行驶。但是这一次发生了事故的后车D310，它当时的时速是180公里，说明它当时收到的信号是一切正常。为什么会出现这样的情况。

第二个疑团就是为什么中国的高铁在面对这种恶劣天气的时候会如此的脆弱，因为雷击造成高铁停驶或者是慢驶的情况，在之前已经发生了两次，而雷击并不是什么100年一遇的这种恶劣天气。

第三个疑点，有媒体指出，在根据时刻表，D3115应该是在D310的后面，但是为什么这一次是跑在了D310的前面，是不是调度出现了什么问题。